Kemajuan bangsa salah satunya ditandai oleh meningkatnya kualitas SDM penduduknya. Semakian meningkat kualitas SDM penduduk suatu bangsa akan semakin menguatakan daya saing bangsa tersebut dalam menghadapi tantanga global dan persaingan antar bangsa yang semakin menguat dewasa ini. Berkaitan dengan hal tersebut, KOPMA sebagai salah satu UKM di lingkungan IAIN Sunan Kalijaga (yang selanjutnya pada tahun 2004 berubah menjadi UIN Sunan Kalijaga) Yogyakarta merespon kebutuhan dan keinginan anggota akan adanya sebuah wadah kegiatan pengemmbangan diri. Wujud nyata dari respon KOPMA tersebut adalah dengan dibentuknya Lembaga Pendidikan dan Pelatihan Kopma IAIN Sunan Kalijaga (LP2KIS) sebagai bagian penting dalam pengembangan SDM anggota Kopma, LP2KIS diproyeksikan menjadi sebuah lembaga profesional yang konsen dalam bidang pendidikan dan pelatihan perkoperasian maupun bidang pengembangan SDM yang lain. Sehingg diharapkan lembaga dapat terus berkembang untuk meningkatkan kualitas sumber daya manusia.
Sejarah LP2KIS berawal pada tahun 1999 ketika para pengurus KOPMA mencoba memberi pelatihan-pelatihan pada anggotanya dalam meningkatkan sumber daya manusia yang berkualitas. Ide tersebut kemudian direspon oleh PSDA dan terbentuklah KOPMA Trainer yang menjadi sarana pengembangan dalam pendidikan dan pelatihan di KOPMA UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta. Beberapa pelatihan yang terlaksana pada waktu itu antara lain : pelatihan perkoperasian, pemasaran, sablonase, dan Training for Trainer.
Akan tetapi karena beberapa hal, konsep KOPMA Trainer inipun tidak berkembang lama. Sekitar tiga tahun kemudian dengan upaya yang serius dari pengurus KOPMA, khususnya bidang pengembangan Sumber Daya Anggota (PSDA) memberika respon dan mencoba mengembangkan kembali konsep KOPMA Trainer. Oleh karena itu langkah awal yang dilakukan pengurus adalah dengan mengutus beberapa orang untuk mengikuti Training for Trainer yang diadakan oleh salah satu lembaga pelatihan di Yogyakarta pada waktu itu.
Pada tahun 2002 respon anggota terhadap kegiatan pendidikan dan pelatihan menjadi sangat penting. Apalagi waktu itu KOPMA UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta sedang mengalami kemajuan yang cukup pesat, karena selain terpilih sebagai koperasi mahasiswa terbaik tingkat nasional, juga diadakan Project idea bagi pengembangan KOPMA-KOPMA di lingkungan Perguruan Tinggi Agama Islam (PTAI) seluruh Indonesia. Oleh karena itu, dengan kesungguhan pengurus KOPMA bersikeras untuk mendirikan sebuah lembaga pendidikan di KOPMA UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta.
Pada tanggal 18 Maret 2002 dibentuklah Lembaga Pendidikan dan Pelatihan KOPMA UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta yang kemudian disingkat dengan nama LP2KIS Yogyakarta. Sejak saat itu lembaga ini resmi sebagai lembaga kekaryaan yang ada dibawah naungan bidang Pengembangan Sumber Daya Anggota (PSDA) Kopma UIN Sunan Kalijaga. Kemudian secara resmi pada tanggal 18 Maret 2002 ditetapkan sebagai hari lahir LP2KIS Yogyakarta.
Pada tahun 2002 LP2KIS berupaya mengembangkan organisasinya dengan melakukan konsolidasi dengan pengurus KOPMA serta pengelola lembaga-lembaga kekaryaan lainnya. Pada tahun ini pula pengelola LP2KIS mencoba menjadikan lembaga ini sebagai sebuah lembaga yang mandiri atau independent terutama dalam mengelola semua jenis pelatihan yang ada di KOPMA UIN Sunan Kalijaga. Namun karena beberapa faktor, upaya tersebut tidak dapat terealisasi. Sejak itu, LP2KIS masih menjadi lembaga yang selalu mendapat pembinaan dan pengawasan yang ketat dari pengurus, khususnya bidang PSDA sehingga kreatifitas pengelola LP2KIS saat itu masih sangat terbatas dan cenderung dimanjakan layaknya anak yang baru lahir.
Pada periode pertama, pengelola LP2KIS berjumlah tujuh orang yaitu Ata Suharta (ketua), Rois Syaifudin Zuhri (Adminkeu I), Ana Sulusi Mar’ati (Adminkeu II), Ismail Hermana (Kurikulum I), Imas Kurniasih (Kurikulum II), A. Rahman (Marketing I) dan Ana Sri Ujiati (Marketing II). Selama periode pertama ini, dilakukan beberapa kali rasionalisasi dan rekonstruksi lembaga yang disebabkan karena berbagai faktor diantaranya pengunduran diri pengelola dengan alasan studi kampus, aktif di organisasi lain dan sebagainya.
Melihat kondisi kepengelolaan saat itu, maka pengelola mengadakan rekruitmen anggota calon pemandu sebagai langkah awal untuk menyeleksi Pemandu KOPMA sekaligus diproyeksikan sebagai pengelola LP2KIS pada periode berikutnya. Pada tanggal 16-23 Mei 2002 dilaksanakan proses perekrutan tersebut yang berhasil menyeleksi 14 orang pemandu. Dari 14 orang pemandu yang terseleksi tersebut, sembilan diantaranya kemudian menjadi pengelola LP2KIS periode kedua (tahun 2003) yang terdiri atas Ismail Hermana (Ketua), Farid Fadloli (Wakil Ketua), Nurul Maghfiroh (Seketaris), Numri Shofiyah (Bendahara), Ahmad Muttaqin (Destra I), Abdul Qodir Zaelani (Destra II), Yayah Qomariah (Marketing I), Dias Umar Said (Marketing II) dan A Yani Anshori (Marketing III).
Pada periode kedua inilah, tercetus sebuah ide agar LP2KIS menjadi lembaga yang berkembang dengan cepat. Maka harus ada program pelatihan profesional selain Diklatsarkop dan Diklatmenkop. Beberapa program pelatihan berhasil dilaksanakan antara lain Training For Succes Trainer (TFST), Pelatihan Management Forum (PMF), Leadership Succesfull Training (LST), dan beberapa permintaan menjadi pemandu dan pemateri di beberapa KOPMA di Yogyakarta dan Tulungangung Jawa Timur. Pada periode ini diadakan perekrutan pemandu yang kedua dan berhasil menyeleksi 16 orang pemandu KOPMA UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta. Keenambelas orang yang lolos seleksi inilah yang kemudian diproyeksikan menjadi penerus pengelola LP2KIS pada periode selanjutnya.
Kesuksesan periode kedua tersebut menjadi pelecut semangat dan optimisme LP2KIS untuk menata masa depan yang lebih baik lagi, khususnya bagi eksistensi LP2KIS di masa depan. Pada tanggal 17 Januari 2004 terlaksanalah suksesi LP2KIS dengan format yang lebih rapi dibandingkan dengan sebelumnya. Pada suksesi tersebut terbentuklah struktur kepengelolaan LP2KIS periode 2004 dengan penambahan satu divisi yaitu Pengembangan Sumber Daya Manusia (PSDM).
Pada periode 2006 ada perubahan nama dari divisi Desain Training menjadi divisi Desain dan Training dengan tujuan divisi ini tidak hanya membuat desain-desain pelatihan, namun juga mengadakan training dari desain-desain yang telah dibuat.
Pada periode 2008 terdapat perubahan nama dalam struktur kepengelolaan LP2KIS, yaitu dari ketua LP2KIS menjadi Direktur LP2KIS, Kepala Divisi (Kadiv) PSDM menjadi manager Human Resort Development (HRD), Kepala Divisi (Kadiv) marketing menjadi Manager marketing, Kepala Divisi (Kadiv) Destra menjadi manager destra. Perubahan ini dilakukan dengan tujuan management dan kepengurusan yang profesional serta meningkatkan motivasi bagi anggota LP2KIS.
Pada periode pengelolaan tahun 2009 divisi Desain dan Training kembali berubah menjadi divisi Desain Training. Hal ini bertujuan untuk lebih mengoptimalkan divisi ini dalam memproduksi desain pelatihan yang lebih berkualitas, dan untuk pelaksanaan pelatihan lebih pada kepanitiaan yang dibentuk.
Dari perjalanan beberapa periode pengelolaan LP2KIS sampai sekarang selalu optimis bahwa kedepan LP2KIS akan semakin berkembang dan diperhitungkan oleh publik khususnya dalam bidang pendidikan dan pelatihan. Hal ini terbukti dengan semakin meningkatnya permintaan pemateri, pemandu, maupun pelatihan baik dari KOPMA-KOPMA ataupun instansi di Yogyakarta dan sekitarnya maupun tingkat nasional.
